一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國度的奇幻旅程（根據(jù)小說一克帝國異域志內(nèi)容改編而成）。

葉凡作為“星殺術(shù)”的傳人，身負(fù)異能進(jìn)入大學(xué)校園。然而他發(fā)現(xiàn)，周圍有自己這種“異能”的人不止自己一個。同寢室的室友嚴(yán)冰、學(xué)生會會長、同級的女神葉蘋，都身懷絕技。身邊時常能感受到奇怪的目光，好像四周有人總在黑暗中隱隱的窺探。似乎父親傳授給自己的“星殺術(shù)”，將自己帶入了一個危險的境地？“血色黃昏”又是什么組織？他的大學(xué)生涯，看來注定無法平靜。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。